Genom / Genetik

Profilbild Professorin Kaufmann
Lebenswissenschaftliche Fakultät
Institut für Biologie

Pflanzliche Zell- und Molekularbiologie

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Expertise

Prof. Kaufmanns Forschung und die ihrer Arbeitsgruppe befasst sich mit den molekularen Mechanismen der Genregulation in der Pflanze. Pflanzliche Entwicklungsprozesse erfordern koordinierte Änderungen in der Aktivität einer großen Zahl von Genen im Zellkern. Diese werden kontrolliert durch bestimmte Transkriptionsfaktoren in Wechselwirkung mit epigenetischen Regulatoren. Wir untersuchen die molekularen Wirkweisen und genregulatorischen Netzwerke dieser regulatorischen Proteine.

Außerdem interessieren Kaufmann und ihr Team umweltunabhängige Variation, und evolutionäre Veränderungen dieser Netzwerke. Darüber hinaus besteht ein Interesse für die molekularen Mechanismen, die die Aktivitäten von Genen während der Entwicklung steuern, wobei sie eine Kombination aus Epigenomik, Proteomik und klassischer Genetik einsetzen. Ihr Modellsystem ist die Blütenentwicklung. Durch die Kombination von experimentellen und computergestützten Analysen möchte das Team die multizelluläre Entwicklung auf der Systemebene verstehen.

Wissenschaftliche Dienstleistungen
  • molekularbiologische, biochemische und genetische Ansätze, z.B. ChIP-seq, SELEX-seq, Proteinkomplexisolierung, Genexpressionsstudien und klassische Genetik
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Profilbild Prfessorin Greven
Wirtschaftswissenschaftliche Fakultät

Lehrstuhl für Statistik

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Expertise

Professorin Grevens Expertise ist insbesondere in der Statistik und den Data Science zu finden. Darüber hinaus liegt ihr Interesse ebenfalls in dem Statistical Learning, Machine Learning, der statistische Modellierung, sowie statistische Inferenz und der Biostatistik, sowie deren Anwendungen in verschiedenen Feldern (u.a. Wirtschafts- und Sozialwissenschaften, Medizin, Epidemiologie, Ingenieurwissenschaften, Sprachwissenschaften etc.). Zudem ist sie versiert in der funktionalen Datenanalyse und Statistik für Objektdaten (Kurven, Bilder, Formen etc.).

  • 2 Projekte zu funktionaler Datenanalyse für Sensordaten mit Siemens CT
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Profilbild Winter
Lebenswissenschaftliche Fakultät
Institut für Biologie

Kognitive Neurobiologie

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Expertise

Prof. Winter erforscht tierisches Verhalten insbesondere die Anpassung dessen in Bezug auf Zielverfolgung und Entscheidungsfindung in komplexen Situationen. Kognitive Leistungen, wie Lernvermögen und Erinnerung, und deren neurobiologische Grundlagen bei der Futtersuche sind von besonderem Interesse. Zur Untersuchung der Entscheidungsfindungsprozesse in Tieren, führt Prof. Winter – vor allem für präklinische Forschung – verhaltensdiagnostische Tests an Maus und Ratte im Labor durch. Hierfür steht ihm u.a. die Berlin Mouse Clinic for Neurology and Psychiatry (BMC), eine führende diagnostische Einrichtung im Rahmen des Exzellenzclusters NeuroCure, zur Verfügung. Die Planung und Entwicklung von apparativen Anlagen zur automatisierten Verhaltensdiagnose für Maus und Ratte in externen Laboratorien gehören ebenfalls zu Prof. Winters Expertise. Ein weiterer Schwerpunkt seiner Arbeit liegt auf dem Gebiet der Virtual Reality für Menschen, vor allem auf der Entwicklung einer kompakten und mobilen, immersiven Virtual Reality Umgebung für ein breites Anwendungsspektrum.

Wissenschaftliche Dienstleistungen

Verhaltensanalyse:

  • Computergesteuerte Sensor- und Aktuatorsysteme zur Manipulation und Messung von Verhalten
  • Baukastensystem von Softwaremodulen für die automatisierte Verhaltensmessung
  • RFID Technologie

Virtual Reality:

  • Immersives 3D-Virtual Reality System mit geschlossenem Monitoring (Oktagon)
  • Softwaresystem für die schnelle Realisierung von speziellen VR-Anwendungen und Interaktionsszenarien
  • Planung und Konstruktion einer Anlage für ein großes internationales Pharmaunternehmen am deutschen Standort für die automatisierte Diagnostik von motorischen Parametern nach klinischem Eingriff. 24h-Messung als „Operator-Independent-System“.
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Profilbild Leser
Mathematisch-Naturwissenschaftliche Fakultät
Institut für Informatik

Wissensmanagement in der Bioinformatik

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Referenzunternehmen

IT-Systemhaus
IT-Produkthersteller
internationales Pharmakonzern
mittelständisches Biotechnologieunternehmen

Expertise

Die Forschungsarbeiten von Prof. Leser und seinen Mitarbeitern und Mitarbeiterinnen beschäftigen sich mit allen Aspekten der Integration und Analyse heterogener und verteilter Daten, der Modellierung, Implementierung und Optimierung komplexer Wissens- und Datenbanken sowie der automatischen Analyse von natürlichsprachlichen Texten (Text Mining bzw. Informationsextraktion). Dies umfasst Themen wie Data Warehouses und multidimensionale Indexierungsverfahren, Graphdatenbanken, Deep Web und Semantic Web, maschinelles Lernen, Ähnlichkeitssuche, Scientific Workflows und ETL-Prozesse, statistische Datenanalysemethoden und Methoden zur Abschätzung und Sicherung der Datenqualität. Die Gruppe forscht in vielfältigen interdisziplinären Projekten, vor allem mit Kollegen und Kolleginnen aus der biomedizinischen Grundlagen- und angewandten Forschung.

http://humboldt.gmbh/forschungskooperation

Wissenschaftliche Dienstleistungen

Sehr gute IT-Ausstattung:

  • mehrere moderne Rechencluster (20-80 CPUs, 1 TB Hauptspeicher)
  • Cluster mit 60+ Kernen
  • 50 TB+ Speicherkapazität
  • Beratung und Prototypentwicklung für ein IT-Systemhaus im Bereich Stammdatenstandardisierung und -integration
  • Algorithmenentwicklung und -evaluation zur Datenqualitätsanalyse für einen IT-Produkthersteller
  • Beratung und Entwicklung von Text-Mining-Verfahren für einen internationalen Pharmakonzern
  • Gemeinsame Systementwicklung mit einem mittelständischen Biotechnologieunternehmen im Bereich der Bewertung humaner Genotypveränderungen (gefördert vom Bundesministerium für Wirtschaft und Energie (BMWi))
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